I laboratori di ricerca sono localizzati nell'Orto Botanico presso la “Villa Chiappini” e negli spazi resi disponibili dalla realizzazione del nuovo muro di confine con l'Ospedale civile. In tali spazi vengono portate avanti tutte le ricerche di carattere floristico, biosistematico, geobotanico e cartografico. In futuro sarà necessario aumentare le superfici destinate a laboratorio per poter correttamente realizzare le analisi biosistematiche ed in particolare quelle collegate alla biologia molecolare ed alla micromorfologia.

La Banca del Germoplasma (BG-SAR) è una struttura della quale si è iniziato a parlare nel 1997. La scelta degli spazi è stata fatta in seguito alla firma della convenzione con la Provincia di Cagliari, ma solo di recente si sono ultimati i lavori di costruzione delle diverse strutture che la compongono.
Sono stati realizzati due laboratori, due locali per la preparazione del germoplasma e uno destinato alle strutture frigorifere che costituiscono la vera e propria banca, oltre ad una piccola serra con dei banchi termoriscaldati per la moltiplicazione e lo studio del materiale.
L'acquisto delle attrezzature è stato in parte reso possibile grazie ad un finanziamento del MIUR concesso per la creazione del CCB.
Per il completamento della struttura si rende necessaria la realizzazione del cavidotto per la linea elettrica e telefonica, l'acquisto degli arredi e delle pompe di calore, oltre che di un sistema antifurto

I campi per la conservazione ex situ sono posti alla base della scalinata dell'Orto e attualmente sono costituiti da un'area terrazzata divisa in tre settori, rispettivamente destinati alla piante sciafile o degli ambienti montani, a quelle che richiedono moderati quantitativi di luce e a quelle più eliofile e caratteristiche delle aree costiere.
Recentemente questi campi sono stati parzialmente sistemati creando degli accessi e delle scale che li mettono in comunicazione tra loro. In futuro sarà necessario provvedere al consolidamento dei muretti, alla messa a livello delle superfici terrazzate a all'ombreggio del campetto centrale.
Oltre ai tre campi per la conservazione ex situ, sino ad oggi sono stati gestiti dal Centro anche i due campi sperimentali posti a valle del settore dei deserti. In tale area attualmente sono conservate le entità moltiplicate per il progetto realizzato in collaborazione con la Provincia di Cagliari. Le esigenze per tali campi sperimentali sono determinate dalla necessità di rinvasare il materiale conservato in vaso e verificare la sua destinazione finale. Infatti, trattandosi di specie in gran parte arboree, non è possibile una loro conservazione in tali condizioni per un lungo periodo.

Le Roccaglie della Biodiversità nascono dall'esigenza di creare degli spazi per la conservazione ex situ visitabili e quindi utili dal punto di vista didattico e divulgativo. In precedenza nell'Orto Botanico di Cagliari esistevano solo piccole aree destinate a tale scopo, oggi però la realizzazione delle roccaglie permette di veder rappresentati degnamente gran parte dei taxa della Sardegna per i quali è necessaria un'azione di conservazione.
La loro costruzione è iniziata nel dicembre 2001 ed è stata completata nel mese di febbraio 2003, hanno una estensione di circa 600 mq e sono divise in tre settori, uno calcareo, uno granitico ed uno metamorfico. La messa a dimora delle entità moltiplicate e di quelle attualmente in vaso è iniziata nel periodo autunnale del 2002 e si concluderà durante l'autunno del 2003.
Il progetto in futuro prevede un ampliamento di tali spazi in un area rocciosa contigua, oggi inutilizzata per l'elevata inclinazione del substrato. In tale zona si vorrebbe creare una roccaglia dedicata alle piante sciafile e, riutilizzando l'antica canalizzazione scavata nella roccia, una zona per le specie igrofile